Сегодня «Томи» исполняется 55 лет.
Клуб был основан 9 марта 1957 года, когда облисполком принял решение о создании в Томске команды мастеров. В советские времена томичи выступали преимущественно во второй лиге.
После 1991 года «Томь» выступала в первой и второй лигах чемпионата России. С 2005 года томский клуб является постоянным участником премьер-лиги. Наивысшее достижение команды – восьмое место, на котором томичи финишировали в 2006 и 2010 годах.