Летом 2010 года Президент Башкортостана Рустэм Хамитов заявил о необходимости создания в Уфе команды уровня Премьер-лиги. Новый клуб было решено сформировать на базе игравшего во Втором дивизионе «Башинформсвязь-Динамо». Название команде выбирали болельщики, и в опросе большинство голосов набрал вариант «Футбольный клуб «Уфа».
Сейчас футбол в Республике обретает новые контуры. Налицо настоящий прогресс в делах футбольного клуба, причем не только у главной команды. Необходимо отметить и удачное выступление сразу нескольких команд, входящих в систему ФК «Уфа». В 2010 г. была создана Ассоциация женского футбола РБ, благодаря которой образовалась женская футбольная команда «Агидель». В 2013 г. эта команда вошла в структуру футбольного клуба «Уфа», что сразу же сказалось на турнирных результатах женского коллектива. В 2013 г. ЖФК «Уфа» финишировала на первом месте в Первенстве России среди женских команд первой лиги зоны «Центр-Урал».
Под патронажем ФК «Уфа», Федерации футбола и мини-футбола РБ выступают и команды ветеранов футбола. В 2014 г. в Финале чемпионата России в категории 45+, проходившего в Самаре, уфимцы взяли «серебро». «Уфа» в этом турнире уступила лишь хозяевам поля.
Несмотря на то, что клуб был образован всего 7 лет назад, за такой короткий срок он сумел уже дебютировать в Лиге Европы.
В новом сезоне ФК «Уфа» провела четыре официальных матча и неплохо вкатилась в сезон. Команда трижды сыграла вничью (дважды 0:0) и одержала победу со счетом 3:0 в последнем матче над махачкалинским «Анжи».
Достижения последних лет на футбольных полях России, вкупе с развивающейся инфраструктурой ФК «Уфа» позволяют с твердой уверенностью заверять, что в столице Республики организовался и развивается футбольный проект, твердо стоящий на спортивных принципах, имеющий свою футбольную философию и реалистичный взгляд на место под футбольным солнцем.