Первой командой Жака Мартена в НХЛ был «Сент-Луис», в котором он работал с 1986 по 1988 год. С 1988 по 1993 год Мартен занимал должность помощника тренера «Чикаго», а в середине сезона 1995 – 1996 годов возглавил «Оттаву». С канадской командой Мартен четырежды набирал более 100 очков за один регулярный чемпионат, а в сезоне 2002 – 2003 годов «сенаторы» стали лучшими в Восточной конференции.
В 1999 году Жак Мартен был признан лучшим тренером года в НХЛ. Всего в сильнейшей лиге мира он провел 1098 встреч, в которых одержал 517 побед.