В первом сезоне (2019/20) в ЮФЛ участие в соревнованиях приняли команды 12 академий, состоявшие из игроков 2002 года рождения. В следующем сезоне было принято решение проводить соревнование в двух лигах: U-17 и U-16.
В сезоне 2021/2022 в лиге примут участие команды из 15 академий. ЮФЛ пополнила команда «СШ по футболу» из Краснодарского края, обыгравшая в стыковых матчах сверстников из «Академии Коноплева».
Заявку команд ЮФЛ-1 составят игроки 2004-го года рождения. Во втором дивизионе (ЮФЛ-2), смогут выступать только игроки не старше 2005-го года рождения.
Победитель ЮФЛ-1 получит путевку в Юношескую лигу УЕФА. В минувшем сезоне победителями обоих дивизионов стали команды академии петербургского «Зенита».