Бондаренко работал сначала тренером, а потом главным тренером московского "Динамо" в 2004 году, уйдя из команды по окончании сезона в египетскую "Исмаилию", а в 2006 году тренировал ростовский СКА. С различными африканскими клубами выигрывал местную Лигу чемпионов, Кубок ЮАР, чемпионат Мозамбика. Дважды признавался лучшим тренером Мозамбика и однажды — ЮАР. Должность наставника "Примейру де Агошту" Бондаренко занял в ноябре 2008 года, сменив португальца Виктора Мануэла.