Лаудрупу досталась команда по-немецки крепкая и с претензиями на высокий результат — «Хетафе» дважды финишировал девятым, а в 2007 добрался до финала Кубка Испании, где уступил «Севилье», но прорубил себе окно в Кубок УЕФА. Датчанин не стал кардинально менять состав, приобрел перспективных де ла Реда и Уче Икечукву и начал перестраивать игру мадридцев и варьировать схемы игры, что потребовало немало времени.
Михаэль с самого начала пытался придать команде такие игровые черты, которые сделали бы ее узнаваемой, культивировал схему 4-2-3-1 с короткими передачами и регулярным подключением фланговых игроков к атакам, проповедовал яркий атакующий футбол. Строительство нового «Хетафе» принесло свои плоды. Мадридцы забивали практически в каждом матче, хотя свою первую победу в чемпионате одержали лишь в восьмом туре.
Набрав обороты во внутреннем первенстве, мадридцы поправили свое турнирное положение, попутно обыграв «Барселону» и «Реал». И несмотря, например, на курьезность победного гола Икечукву в ворота «Королевского клуба», свои победы команда Лаудрупа не вымучивала, а добивалась их благодаря яркой игре. Но запомнилась она не этими победами. К тому же финишировали мадридцы на низком для себя четырнадцатом месте.
Главные и запоминающиеся игры «Хетафе» образца сезона-2007/2008 — кубковые. Добравшись до четвертьфинала Кубка УЕФА, Лаудруп получил в соперники «Баварию». И чуть было ее не прошел. На выезде мадридцы свели матч с мюнхенцами вничью — 1:1. А в ответном матче подарили своим болельщикам захватывающий триллер, но без хеппи-энда.
Оставшись на 6-й минуте без де ла Реда, подопечные Лаудрупа в конце первого тайма повели в счете. Баварцы сравняли счет за считаные секунды до конца основного времени и перевели игру в овертайм. Тут-то и проявил себя Лаудруп-психолог. Что он говорил своим игрокам, вряд ли кто знает, но к 115-й минуте его подопечные вели 3:1. В итоге «Бавария» все же дожала соперника, но тут уже Лаудруп поделать ничего не мог. Датчанин и его подопечные и так на глазах у всей Европы совершили маленький футбольный подвиг.
Не удалось «Хетафе» реабилитироваться и в финале Кубка Испании. Мадридцы уступили «Валенсии» 1:3 пусть в менее драматичном, но все же очень ярком матче. После второго крупного разочарования в концовке сезона Лаудруп решил покинуть клуб за год до истечения контракта. Без титулов, но с высоко поднятой головой и гордостью за проделанную работу.